Houtduiven broeden het liefst in bossen, parken en tuinen, maar omdat ze tegenwoordig meer en meer in stedelijke gebieden voorkomen, maken ze niet zelden gebruik van gebouwen. Ze bouwen slordige nesten van takken en het is geen uitzondering dat een ei na het leggen meteen door de losjes gegroepeerde takken op de grond valt. Houtduiven leggen 2 eieren.

Hoewel houtduiven kunnen overkomen als dommige en sullige vogels zijn ze op hun foerageerplaats tamelijk agressief. Ze kunnen met hun vleugels rake klappen uitdelen aan soortgenoten, maar ook aan bijvoorbeeld eksters. Er vallen tijdens deze schermutselingen echter nooit doden.

Het meest geschikte systeem om houtduiven te weren is het electro shock systeem, maar in de broedperiode mag men deze niet inzetten. Men kan ook opteren voor een pennensysteem te installeren op de dakgootranden of daar waar ze niet welkom zijn.